電子除垢儀由主機產生電磁場對水質進行處理，產生共鳴作用，使原有的大分子團狀態水被打斷，分解成活性很強的單分子或小分子團狀態的水，從而改變了水的物理結構與特性，增強了水分子的極性，增大了水分子的偶極矩，提高了水分子對鈣鎂離子、碳酸根離子等成垢組分的溶解能力，起到阻止水垢形成的作用。同時，在高頻電磁場的作用下，使原有的水垢結晶逐漸變得松軟、脫落、溶解，從而達到除垢之目的。

氧化腐蝕和垢下原電池腐蝕是水系統管道及設備腐蝕和生銹的主要原因，而在高頻電磁場作用下，水垢得以控制和去除，溶解氧與水分子結合不易析出，從而抑制氧化腐蝕和垢下原電池腐蝕的發生，起到良好的防腐阻銹的作用。