銀離子消毒器消毒為物理消毒，銀離子可穿透細菌細胞壁進入細胞內，與細胞內脫氧核糖核酸和核糖核酸相結合，破壞細菌細菌細胞內的蛋白酶與呼吸酶，從而致使細菌細胞的溶解和死亡。當細菌菌體失去活性后，部分銀離子會從菌體中游離出來，再與其他細菌接觸，滅活其他細菌，重復進行滅活作用，因此消毒效果具有持久性。

AOT消毒設備同為物理消毒，但只有水流經過設備的瞬間，水中的細菌才會被滅活，不能像銀離子那樣游離出菌體繼續滅活其他細菌，因此不具有持續性消毒特性。