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將紫外線消毒與使用氯或臭氧的化學消毒進行比較時，操作模式有很大不同。紫外線消毒使微生物失去活性，因此它們無法繁殖。劑量為 400 J/m2 的中壓紫外線殺菌器可有效滅活細菌、寄生蟲和大多數病毒，包括賈迪亞和隱孢子蟲?；谧贤饩€的消毒的另一個優點是過程非常快——典型的曝光時間僅持續幾秒鐘。

紫外線處理的一個缺點是消毒僅在紫外線聚集體中起作用，因此無法防止配水網絡中的后續污染。在化學消毒中，微生物的細胞膜被氧化破壞，從而使生物體死亡。只要水中含有化學藥劑，化學消毒就有效。因此，如果分銷網絡或最終用戶本身存在污染風險，化學消毒是更好的選擇。

中壓紫外線殺菌器處理的優點是不會以任何顯著方式影響水質，pH 值、腐蝕性、濁度和 總有機碳（TOC）都是這種情況。水的味道不受影響，并且在 400 J/ m2 的紫外線劑量下，不會出現消毒副產物，而氯處理通常會出現這種情況。

還有一個缺點是紫外線處理會導致中壓紫外線殺菌器燈管周圍部分的藻類生長。如果燈沒有充分屏蔽由自然光構成的光譜部分，就會出現這種情況。這對于發出自然光含量較高的光譜的中壓燈來說尤其是個問題。